Id-Diviżjoni għall-Fondi u Programmi taqdi numru ta’ funzjonijiet ewlenin:
- Punt Nazzjonali ta’ Kuntatt għall-Għotjiet miż-Żona Ekonomika Ewropea u n-Norveġja;
- Koordinatur Nazzjonali għall-Programm ta’ Kooperazzjoni Żvizzeru-Malti;
- Punt Nazzjonali ta’ Kuntatt għall-Programmi ta’ Kooperazzjoni Territorjali Ewropea (KTE) 2014-2020;
- Punt Nazzjonali ta’ Kuntatt għall-Programm Transkonfinali Italja-Malta 2014-2020;
- Koordinatur għat-TAIEX u l-Ġemellaġġi Amministrattivi;
- Punt Nazzjonali ta’ Kuntatt għall-Fond Ewropew għall-Globalizzazzjoni u l-Fond Ewropew ta’ Solidarjetà;
- Awtorità Nazzjonali għall-Programm ERASMUS+;
- Awtorità Responsabbli għall-Fond dwar l-Ażil, il-Migrazzjoni u l-Integrazzjoni (FAMI) 2014-2020 u l-Fond għas-Sigurtà Interna (FSI) 2014-2020;
- Awtorità ta’ Ġestjoni għall-Fond Agrikolu Ewropew għall-Iżvilupp Rurali (FAEŻR);
- Awtorità ta’ Ġestjoni għall-Fond Ewropew għall-Affarijiet Marittimi u tas-Sajd (FEMS);
- Koordinazzjoni u gwida lill-Punti ta’ Kuntatt tal-Fondi u Programmi varji tal-UE u oħrajn.